El primer episodio comienza con el misterioso suicido de una estudiante, Chisa Yomoda. Chisa-chan era compañera de clase de Lain Ikawura, una tranquila colegiala catorceañera. Una de las otras chicas de clase ha estado recibiendo e-mails de Chisa-chan, y Lain descubre que ella también tiene correo de Chisa. En el mail explica a Lain que simplemente ha abandonado su cuerpo. Ella le asegura que continua viviendo en el mundo de la red. Después de conseguir un nuevo "navi" y añadirle un circuito "psyche", Lain se pasa mas y mas tiempo en la red. Esto hace que Lain tenga dos personalidades, y la personalidad original de Lain esté cambiando. ¿Quién es Lain? ¿Quiénes son los "knights"? ¿Puede la red influir en el mundo real a través de una profecía? ¿El mundo real no es más que un holograma de la información de la red? 
Yuuki Cross(kurosu) cuando apenas era una niña, un vampiro intento atacarla y quitarle toda su sangre pero fue salvada nada mas y nada menos por otro vampiro un joven de tierna mirada que a partir de ese momento se creara una adoración hacia el,su nombre era Kaname Kuran, el unico descendiente de los Kuran, una familia de prestigio, la rescato y la llevo donde el director Cross,quien la adoptó y la crió como si fuera su hija, ella no tenia ningun recuerdo antes del incidente por lo que para ella su vida empezo cuando Kaname la rescato. Luego aparecerá otro joven que también tuvo que adoptar EL director Cross, Zero Kiriyu, su familia fue asesinada por un vampiro y el fue el único que sobrevivió. Zero y Yuuki crecieron y estudiaron juntos , además son los unicos de toda la academia que la clase nocturna son de puros vampiros. 
A Yorito Morimiya le encanta tomar fotografías del cielo, tanto que un día se despierta a las 4 de la mañana para hacer fotos del amanecer mirando la bahía. Sin embargo, es disuadido de la tarea cuando se encuentra con una chica extraña que intenta forzar una máquina expendedora que se había tragado su dinero. Yorito la ayuda a forzar la máquina pero cuando finalmente lo consigue, la chica ha desaparecido misteriosamente.
Kei Kusanagi es un estudiante de primer año en el instituto Matsumoto. Es un chico introvertido que sufre en ocaciones desvanecimientos debido a situaciones estresantes. Estos desvanecimientos le sitúan en un estado comatoso (para su cuerpo y su mente el tiempo no transcurre, haciendo que lo que para otros han sido minutos, horas...años, para él hayan sido sólo instantes.
Tras haber sido criado y adiestrado durante los últimos 17 años como samurai, Yoichi se sorprende cuando su padre le dice que ya no hay nada más que le pueda enseñar, pero ha conseguido que siga su entrenamiento en el dojo de un amigo de su padre. Así que Yoichi deja la tranquilidad de la montaña para irse a la ciudad y continuar con sus estudios. Por si adaptarse a la ciudad no fuera tarea fácil, termina viviendo con 4 hermanas y tendrá que aguantar un adiestramiento más severo del que imaginaba...
